甲基绿吡罗红的染色原理主要有两个方面，染色与聚合程度和电荷作用有关。
聚合程度：甲基绿与聚合程度高的DNA优先结合为绿色，而吡罗红则与聚合程度较低的RNA结合为红色。
电荷作用：甲基绿和吡罗红在水中电离后都带正电荷，但甲基绿碱性较吡罗红要强，而甲基绿碱性比吡罗红要强，甲基绿容易与细胞核吸附而染色，吡罗红容易与细胞质会吸附结合。
一、甲基绿吡罗红的染色原理
1、甲基绿、吡罗红是两种碱性染料。甲基绿分子有两个正电荷可以与双链DNA结合，使DNA显示绿色，吡罗红分子有一个正电荷，可以与RNA结合，使RNA显示红色。甲基绿与吡罗红混合使用时被称为甲基绿-吡罗红。
2、甲基绿-吡罗红染色液染色的原理主要有两个方面：染色与聚合程度有关，甲基绿与聚合程度高的DNA优先结合呈现绿色，吡罗红优先与RNA结合呈红色；甲基绿和吡罗红在水中电离后都带正电荷，但甲基绿碱性比吡罗红要强，甲基绿容易与细胞核吸附而染色，吡罗红容易与细胞质吸附结合。
3、在使用时不要多次使用，以防失效，在使用时要带一次性防护手套防止接触到皮肤。
二、甲基绿吡罗红实验步骤
1、用3支洁净的试管分别取等量且含有T2噬菌体的溶液，编号为A、B、C；向A试管中滴入适量的甲基绿染液、向B试管中滴入适量的吡罗红染液、向C试管中滴入适量的等量双缩脲试剂，并且进行振荡。
2、最后再比较3支试管中的颜色产生了什么变化即可。
